Glavne dejavnosti specialistične službe za varstvo rastlin in javne službe za varstvo rastlin:

• Delovanje opazovalno napovedovalne službe in javne službe za varstvo rastlin;
• Strokovna podpora Fitosanitarni upravi republike Slovenije na področju zdravstvenega varstva rastlin;
• Izobraževanja svetovalcev, tehnologov in kmetovalcev preko predavanj, seminarjev, informativnih izobraževanj, prikazov poskusov in predavanj SKOP;
• Izobraževanje uporabnikov fitofarmacevtskih sredstev;
• Uradna biološka preizkušanja novih fitofarmacevtskih sredstev za varstvo rastlin in preverjanje že uveljavljenih;
• Izvajanje aplikativnih in za potrebe prakse demonstracijskih poskusov s fitofarmacevtskimi pripravki zoper vse pomembnejše bolezni in škodljivce sadnega drevja, vinske trte in poljščin.

Dejavnosti opazovalno napovedovalne službe:

• Spremljanje in opazovanje razvoja škodljivih organizmov na sadnem drevju, na vinski trti in na poljščinah ter določanje optimalnih rokov zatiranja;
• Evidentiranje izbruhov, napovedovanje razvoja in povečanega pojava škodljivih organizmov na podlagi opazovanj in izmerjenih podatkov;
•  Spremljanje pojava in evidentiranje karantenskih in gospodarsko pomembnih bolezni in škodljivcev;
• Zagotavljanje meteoroloških, biotičnih podatkov za namene opazovanja in napovedovanja pojava škodljivih organizmov ter sodelovanje pri uvajanju informacijskega sistema;
• Opravljanje osnovne terenske in laboratorijske diagnostike škodljivih organizmov;
• Obveščanje in poročanje;
• Svetovanje in izobraževanje imetnikov v zvezi z izvajanjem dejavnosti zdravstvenega varstva rastlin.

Ostale dejavnosti oddelka za varstvo rastlin:

• Uradna biološka preizkušanja novih fitofarmacevtskih sredstev za varstvo rastlin in preverjanje že uveljavljenih;
• Izvajanje aplikativnih in za potrebe prakse demonstracijskih poskusov s fitofarmacevtskimi pripravki zoper vse pomembnejše bolezni in škodljivce sadnega drevja, vinske trte in poljščin;
• Izvajamo sledeča biološka preizkušanja kemičnih sredstev (uradna biološka preizkušanja fitofarmacevtskih sredstev (FFS), predpreizkušanja FFS in demostracijski poskusi) proti naslednjim boleznim, škodljivcem in plevelom:
• Proti boleznim na pšenici in ječmenu;
• Proti pesni listni pegavosti na sladkorni pesi;
• Proti jablanovem škrlupu in jablanovi pepelovki;
• Proti sadnemu listnemu duplinarju;
• Proti jabolčnemu zavijaču;
• Proti ameriškemu in vejičastemu kaparju na jablanah;
• Proti oidiju in peronospori na vinski trti;
• Proti sivi grozni plesni ali botritisu na vinski trti; " Proti grozdnim sukačem na vinski trti;
• Proti plevelom v koruzi, sladkorni pesi, pšenici, ječmenu, krompirju, lucerni in v trajnih nasadih;
• Proti rdeči sadni pršici na jablani in na vinski trti;
• Proti akarinozi vinske trte;
• Proti talnim škodljivcem na sladkorni pesi in koruzi.